Pengertian
Bioinformatika, sesuai dengan
asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”, adalah gabungan antara ilmu biologi
dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya, Bioinformatika didefenisikan
sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk menangkap dan menginterpretasikan
data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang yang merangkup berbagai
disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu
kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat satu sama
lainnya.
Istilah bioinformatics mulai
dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer
dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika
(seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens
biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.
Ilmu bioinformatika lahir atas
insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial intelligence.
Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa diuat secara
artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal
ini diperlukan data-data yang yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala
alam tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting
untuk manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat
utama Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan
internet.
Aplikasi Bioinformatika
Bioinformatika dalam Bidang Klinis
Bioinformatika dalam bidang
klinis sering disebut sebagai informatika klinis(clinical informatics). Aplikasi
dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-dataklinis dari pasien
melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan olehClement J.
McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun 1972.
McDonald pertama kali
mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien penyakit gula(diabetes). Sekarang EMR
ini telah diaplikasikan pada berbagai penyakit. Data yangdisimpan meliputi data
analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, fotorontgen, ukuran
detak jantung, dan lain lain. Dengan data ini dokter akan bisamenentukan obat
yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu dan lebih jauh lagi, dengandibacanya
genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit genetikseseorang,
sehingga penanganan terhadap pasien menjadi lebih akurat.
Bioinformatika juga
menyediakan tool yang sangat penting untuk identifikasi agent penyakit yang
belum dikenal penyebabnya. Banyak sekali penyakit baru yang muncul dalam dekade
ini, dan diantaranya yang masih hangat adalah SARS (Severe Acute Respiratory
Syndrome).
Pada awalnya, penyakit ini
diperkirakan disebabkan oleh virus influenza karena gejalanya mirip dengan
gejala pengidap influenza. Akan tetapi ternyata dugaan ini salah karena virus
influenza tidak terisolasi dari pasien. Perkirakan lain penyakit ini disebabkan
oleh bakteri Candida karena bakteri ini terisolasi dari beberapa pasien. Tapi
perkiraan ini juga salah. Akhirnya ditemukan bahwa dari sebagian besar pasien
SARS terisolasi virus Corona jika dilihat dari morfologinya. Sekuen genom virus
ini kemudian dibaca dan dari hasil analisa dikonfirmasikan bahwa penyebab SARS
adalah virus Corona yang telah berubah (mutasi) dari virus Corona yang ada
selama ini.
Dalam rentetan proses ini,
Bioinformatika memegang peranan penting. Pertama pada proses pembacaan
genom virus Corona. Karena di database seperti GenBank, EMBL (European
Molecular Biology Laboratory), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan) sudah tersedia
data sekuen beberapa virus Corona, yang bisa digunakan untuk mendisain primer
yang digunakan untuk amplifikasi DNA virus SARS ini. Software untuk mendisain
primer juga tersedia, baik yang gratis maupun yang komersial. Contoh yang
gratis adalah Webprimer yang disediakan oleh Stanford Genomic
Resources(http://genome-www2.stanford.edu/cgi-bin/SGD/web-primer), yang GeneWalker disediakan oleh Cybergene AB
(http://www.cybergene.se/primerdisain/genewalker), dan lain sebagainya. Untuk
yang komersial ada Primer Disainer yang dikembangkan oleh Scientific &
Education Software, dan software-software untuk analisa DNA lainnya seperti
Sequencher (GeneCodes Corp.), SeqMan II (DNA STAR Inc.), Genetyx (GENETYX
Corp.), DNASIS (HITACHI Software), dan lain lain.
Kedua pada proses mencari kemiripan
sekuen (homology alignment) virus yang didapatkan dengan virus lainnya.
Dari hasil analisa virus SARS diketahui bahwa genom virus Corona penyebab SARS
berbeda dengan virus Corona lainnya. Perbedaan ini diketahui dengan menggunakan
homology alignment dari sekuen virus SARS. Selanjutnya, Bioinformatika juga
berfungsi untuk analisa posisi sejauh mana suatu virus berbeda dengan virus
lainnya.
Sumber
http://erwinadinata.page.tl/BIOINFORMATIKA.htm
Tidak ada komentar:
Posting Komentar